Le traitement de la cystoisosporose repose sur l’association triméthoprime-sulfaméthoxazole (cotrimoxazole ou Bactrim®). Ce traitement est efficace chez les sujets immunocompétents mais les rechutes sont fréquentes chez les malades immunodéprimés. La ciprofloxacine (Ciflox®) représente une alternative thérapeutique en cas d’échec du traitement par le cotrimoxazole.
Il n’y a pas de chimioprophylaxie de la cystoisosporose. La prévention individuelle repose sur des mesures hygiénodiététiques (péril fécal).