La multiplication des parasites dans les entérocytes entraîne des perturbations hydroélectrolytiques et une malabsorption avec, à terme, un retentissement possible sur la croissance chez l’enfant et un risque de cachexie chez les malades immunodéprimés.
Chez un sujet immunocompétent, la cryptosporidiose est responsable d’une diarrhée aqueuse consistant en trois à dix selles par jour, liquides et non sanglantes. Cette diarrhée s’associe à des douleurs abdominales, des nausées et une fièvre modérée (38 °C à 38,5 °C, inconstante). Ces symptômes sont spontanément résolutifs en une dizaine de jours sans traitement.
Chez les enfants et les personnes âgées, on peut observer des formes diarrhéiques plus prolongées.
Chez les patients immunodéprimés, la cryptosporidiose est responsable d’une diarrhée prolongée devenant chronique et s’associant à une forte malabsorption. Elle peut être directement ou indirectement responsable de décès. Les principaux sujets touchés sont les patients infectés par le VIH dont le taux de lymphocytes CD4 est inférieur à 100/mm3. Des formes sévères sont également observées chez d’autres patients immunodéprimés présentant un déficit de l’immunité cellulaire. Une atteinte des voies biliaires est fréquente chez ces patients, du fait d’une colonisation de l’épithélium des voies biliaires. Cette localisation contribue très probablement à l’entretien de la parasitose digestive. Des formes extra-intestinales (pulmonaires) sont exceptionnelles.