La diarrhée aqueuse est la principale manifestation clinique de la cyclosporose. L’évolution est habituellement spontanément résolutive en quelques jours mais peut durer 2 ou 3 semaines, avec retentissement sur l’état général.
Chez les patients infectés par le VIH, la cyclosporose devient sévère et prolongée. Le tableau clinique se traduit par une diarrhée qui évolue sur un mode chronique. Des localisations extra-intestinales (cholangites) ont été décrites chez des patients atteints de sida, mais aucun cas de décès dû à la cyclosporose n’a été déclaré.