Certains médicaments ont une activité partielle sur la cryptosporidiose digestive en réduisant la durée des symptômes mais sans permettre chez les immunodéprimés une éradication des parasites. Il s’agit de la nitazoxanide (Alinia®, sous ATU nominative). Un antibiotique de la classe des rifamycines, la rifaximine (Tixtar®, hors AMM), serait plus efficace. Chez les patients immunodéprimés, la restauration de l’immunité (par exemple, traitement antirétroviral chez les patients au stade sida de l’infection par le VIH) est le meilleur moyen d’éliminer l’infection par Cryptosporidium sp.
La prévention est à la fois individuelle et collective. Sur le plan individuel, il n’existe aucune chimioprophylaxie et la prévention consiste à réduire le risque de contamination par des oocystes en respectant des règles d’hygiène alimentaire et en évitant l’ingestion d’eau ou d’aliments pouvant être souillés par des matières fécales. Chez les patients fortement immunodéprimés, cette prévention conduit à recommander exclusivement la consommation d’eau embouteillée.
La prévention collective consiste à protéger les ressources naturelles d’eau de toute contamination fécale animale et à s’assurer de la protection et de l’intégrité des réseaux de distribution d’eau potable. Des procédés modernes combinant ozonisation et filtrations mécaniques sont efficaces, limitant l’apparition de nouvelles épidémies lorsqu’ils sont mis en œuvre. Une augmentation de la turbidité de l’eau se traduit habituellement par un accroissement des particules d’une dimension de 3 à 5 μm, soit le diamètre des oocystes : le dénombrement de telles particules avant et après le traitement de l’eau s’avère être un outil utile d’évaluation du risque sanitaire pour cette protozoose.