Ce cloisonnement résulte de l’apparition d’un septum uro-rectal dans l’angle formé par l’allantoïde et l’intestin postérieur. Cette cloison résulte d’une prolifération du mésenchyme qui s’insère entre les deux structures dérivées de l’endoderme et progresse en direction caudale jusqu’au contact de la membrane cloacale. Ce septum est renforcé par deux bourrelets latéraux. A la 7e semaine, ce septum divise le cloaque en sinus urogénital primitif en avant et en canal ano-rectal en arrière.
La zone de jonction du septum uro-rectal avec la membrane cloacale forme le périnée et la membrane cloacale initiale donne alors naissance à deux zones distinctes : la membrane urogénitale en avant et la membrane anale en arrière.
Dès l’individualisation de la membrane anale apparaît un bourrelet mésenchymateux qui l’entoure et entraîne la formation d’une dépression : la dépression anale (ou proctodeum). A la 8e semaine, la membrane anale disparaît et met en communication l’intestin postérieur avec l’extérieur. De la sorte, le canal anal a une double origine, endodermique pour ses 2/3 proximaux et ectodermique pour son 1/3 distal. Cette dualité embryologique explique la double vascularisation du canal anal, branches de l’artère mésentérique inférieure pour sa partie supérieure et branches des artères iliaques pour sa partie terminale.
