Portion initiale de l'intestin primitif antérieur, l'intestin pharyngien fait suite à la cavité buccale (cf. Chap 16.4.3) , les suivantes seront recouvertes par l'importante expansion du deuxième arc et donneront une cavité tubulaire qui disparait au cours du développement, le sinus cervical.
L'endoderme recouvre la face interne des arcs branchiaux et forme également des replis entre les arcs , les poches endobranchiales, situées en regard des poches ectobranchiales.
Le revêtement interne de la région branchiale, est à l’origine de la muqueuse qui tapisse le pharynx et la partie postérieure de la cavité buccale. Elle est faite d’un épithélium malpighien non kératinisé, dérivant de l’endoderme, reposant sur un chorion conjonctif très vascularisé, dérivant du mésenchyme intra-embryonnaire, qui contient de nombreuses petites glandes salivaires d’origine endodermique.
