A partir de la 8ème semaine, les ébauches thymiques se rejoignent sur la ligne médiane et le thymus migre en direction caudale pour rejoindre sa localisation définitive à la partie supérieure du thorax. Les ébauches sont colonisées à partir de la 11° semaine du développement par des cellules dendritiques et des cellules lymphoïdes, le thymus devient un siège de différenciation des cellules lymphoïdes.
La migration des ébauches thymiques entraîne celle des ébauches parathyroidiennes : les ébauches parathyroïdiennes dérivées des 4èmes poches endobranchiales viennent se placer au pôle inférieur des lobes thyroïdiens, ce sont les parathyroïdes inférieures, celles dérivées des 3èmes poches endobranchiales s’arrêtent en arrière du pôle supérieur des lobes thyroïdiens, ce sont les parathyroïdes supérieures. Ces ébauches glandulaires sont fonctionnelles dès leur individualisation, elles secrètent la parathormone, hypercalciémiante.
