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On peut schématiser en trois phases les mécanismes de reconnaissance immune au cours de la transplantation :
Les antigènes présentés par le greffon et reconnus par le système immunitaire appartiennent au système HLA en classe I (HLA-A, HLA-B, HLA-C) et en classe II (HLA-DP, HLA-DQ, HLA-DR). En pratique clinique, donneurs et receveurs sont identifiés sur les molécules de HLA-A, HLA-B, HLA-DR et HLA-DQ.
Il existe deux voies de présentation des antigènes au système immunitaire :
Dans les épisodes de rejet aigu, la voie de présentation directe semble être prépondérante ; en revanche, la voie indirecte semble plus importante dans le développement du rejet chronique.
La réponse alloimmune est exacerbée lors de la transplantation en elle-même par des phénomènes appelés ischémie-reperfusion (la séquence d’événements entre le prélèvement d’organe, la préservation à froid de l’organe, et la reperfusion brutale lors de la transplantation et du déclampage), qui génère énormément d’inflammation au niveau du greffon. Cette inflammation est à l’origine de la production de cytokines entraînant un recrutement de CPA, en particulier des macrophages, au niveau de l’organe. Le greffon est donc introduit dans un organisme « en état de guerre », prêt à le rejeter fortement. La minimisation des lésions d’ischémie-reperfusion par amélioration des conditions de préservation des organes est donc essentielle pour moduler l’intensité de la réponse immune initiale au greffon.
L’activation des lymphocytes T et le déclenchement de la réponse immune passent par plusieurs étapes, qui sont chacune cible de différentes drogues immunosuppressives :
Les lymphocytes T ne sont pas les seuls éléments à jouer un rôle dans le rejet. Les lymphocytes B sont responsables de la composante humorale du rejet, intervenant en début de transplantation sous forme de rejet hyperaigu. Celui-ci est devenu rare avec la réalisation systématique de cross-match lymphocytaire avant la transplantation. Ce test consiste à exposer des cellules du receveur (généralement obtenues sur des échantillons de rate et de ganglions) en présence de sérum du receveur (prélèvements « historiques » conservés en banque ou prélèvement du jour de la transplantation) afin de détecter l’existence d’anticorps lymphocytotoxiques chez le receveur. Des techniques hypersensibles existent également permettant d’identifier le type d’anticorps (c’est-à-dire les antigènes HLA visés par ceux-ci) avant la transplantation. Une composante de rejet humoral peut exister lors des épisodes de rejet aigu cellulaire, identifié sur les biopsies rénales sous forme de dépôts de C4d.