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L’arbre urinaire est physiologiquement stérile, en dehors de l’urètre distal qui est colonisé par la flore périnéale.
Les infections urinaires communautaires sont principalement des infections par voie ascendante, à partir de la flore urétrale.
Plus rarement, les pyélonéphrites peuvent être d’origine hématogène, dans le cadre d’une bactériémie (notamment à staphylocoque ou à Candida).
Les prostatites sont favorisées par l’existence d’un obstacle sous-urétral responsable d’une mauvaise vidange vésicale : hyperplasie bénigne de prostate (HBP), cancer de prostate ou sténose urétrale.
Elles peuvent également être d’origine vénérienne dans le cadre d’une infection génitale chez l’homme (cf. chap 10 : item infections sexuellement transmissibles) ou iatrogène après biopsies de prostate écho-guidées.
Sur le plan bactériologique Escherichia coli est au premier rang avec 60 à 80 % des germes identifiés, toutes formes cliniques confondues. Il est retrouvé dans 70 à 95 % des cystites simples et 85 à 90 % des pyélonéphrites aiguës.
Il existe une résistance croissante et préoccupante d’E. coli variable selon l’écologie locale : amoxicilline 40 à 50 %, cotrimoxazole 20 à 40 %, fluoroquinolone 10 %.
Les autres germes les plus fréquemment retrouvés sont entérocoque, staphylocoque et pseudomonas.
Le risque de résistance est majoré en cas d’antibiothérapie récente (moins de 6 mois), en particulier pour les fluoroquinolones.