Le diagnostic est aisé chez un patient infecté par le VIH présentant une pneumopathie avec un taux de CD4 bas (< 200 / mm3). Quand le taux de CD4 est < 100 / mm3 d’autres infections opportunistes peuvent être évoquées devant une pneumopathie interstitielle d’origine parasitaire ou fongique (toxoplasmose, cryptococcose, histoplasmose, pénicilliose), d’origine bactérienne (pneumocoque, Haemophilus, tuberculose). Une maladie de Kaposi ou une pneumopathie interstitielle lymphoïde peuvent être également discutées.