3 - Recherche et identification d’une infection génitale

UE agents infectieux à l’hôte / BACTERIOLOGIE / Principales espèces bactériennes impliquées en pathologie humaine / Agents des maladies sexuellement transmissibles

Depuis 2000, il n’existe plus en France de déclaration obligatoire anomymisée des infections sexuellement transmissibles sauf pour le VIH, quel que soit le stade de l’infection, et l’hépatite B aiguë symptomatique. Pour les autres IST, l’Institut de Veille Sanitaire (InVS) participe au recueil et au traitement des données à des fins épidémiologiques, en s’appuyant notamment sur différents réseaux nationaux de surveillance: RésIST, Rénago, Rénachla.

Les infections des voies génitales sont d’origine

bactérienne : Gonocoque, Chlamydia trachomatis, Mycoplasmes, Syphilis, Bacille de Ducrey, Gardnerella vaginalis, bactéries anaérobies
virale : Herpès génital , Papillomavirus, Hépatite B, VIH
mycosique / levures : Candidas (Albicans, Glabrata, tropicalis….)
ou parasitaire : Trichomonas vaginalis,

On dénombre une vingtaine d’agents responsables. La plupart d‘entre eux se transmettent par voie sexuelle et les infections qui en résultent constituent les IST (Infections Sexuellement Transmissibles).Toutefois certaines symptomatologies peuvent davantage résulter de déséquilibres de la flore vaginale constituée du bacille de Döderlein ou lactobacille plutôt que d’IST à proprement parler. Différentes circonstances vont perturber cet équilibre physico-chimique régulé par le climat hormonal estrogénique : contraception orale, grossesse, ménopause, hygiène défectueuse ou excès d’antiseptiques locaux, circonstances immunodépressives.
L’identification d’une infection génitale présente quelques difficultés en raison :

du polymorphisme clinique des IST( symptomatiques ou asymptomatiques)
des lieux de prélèvement multiples et variables selon l’expression clinique
des examens de laboratoire de plus en plus diversifiés conduisant le praticien à un choix centré sur le rapport bénéfice / coût
de l’interprétation des résultats et de leur corrélation avec la clinique
de l’exploration du ou des partenaires qui doit être systématique lorsqu’une IST est suspectée.

3 . 1 - Dans quelles circonstances suspecter une infection génitale ?

Parfois asymptomatique, retardant leurs diagnostics, les infections génitales se caractérisent assez souvent par différents symptômes dont certains n’orientent pas d’emblée vers la sphère génitale.

3 . 1 . 1 - Signes fonctionnels

Les leucorrhées, très fréquentes dans les infections vulvo-vaginales, elles sont moins fréquentes dans les salpingites (50 %). Leur ressentie est très variable, un tiers des patientes présentant des leucorrhées ne s’en plaignent pas.
Le prurit évoque le plus souvent une vulvo-vaginite mais ne doit pas faire ignorer un problème dermatologique comme un lichen scléreux.
Les brûlures parfois intenses, signent une altération des muqueuses vulvo-vaginales et sont responsables de dyspareunies.
Les métrorragies signent une atteinte du col, de l’endomètre ou des trompes.
La fièvre signe une atteinte du haut appareil génital mais n’est présente que dans moins d’une salpingite sur deux.
Les douleurs pelviennes constituent le symptôme le plus constant dans les salpingites, elles peuvent être associées à des dyspareunies et des dysménorrhées.
Les dyspareunies d’intromission évoquent une pathologie vulvo-vaginale alors que profondes elles orientent vers une pathologie du haut appareil (utérus, trompe, ovaire).
Les brûlures mictionnelles, en dehors d’une infection urinaire, doivent faire évoquer une vulvite. Une pyurie avec urines stériles peut orienter vers une urétrite à Gonocoques, à chlamydiae ou au trichomonas.

3 . 1 . 2 - Signes physiques

Ils sont mis en évidence par l’examen clinique.
A l’inspection de la région vulvaire, on recherche des pertes anormales, une rougeur vulvaire, l’existence de vésicule, d’ulcération
A l’examen au spéculum on visualisera les éventuelles leucorrhées, l’aspect du col, de la glaire ; les prélèvements bactériologiques seront faits à ce moment de l’examen.
Les touchers pelviens rechercheront un utérus augmenté de volume, douloureux à la palpation, mou (évoquant une endométrite) et/ou douloureux à la mobilisation avec des culs de sac empâtés (orientant vers une pathologie annexielle infectieuse).

3 . 1 . 3 - Signes extra génitaux

Les signes articulaires polymorphes, non spécifiques peuvent représenter des complications d’infections gynécologiques comme la gonococcie ou la syphilis secondaire mais également être réactionnelles à une infection génitale comme dans les infections à chlamydia trachomatis (Syndrome oculo-urétro-synovial de Fiessinger-Leroy-Reiter).
Les signes digestifs : il s’agit surtout de la péri-hépatite à gonocoque ou à chlamydia également appelé syndrome de Fitz-Hugh-Curtis. Ce syndrome se caractérise par des douleurs de l’hypochondre droit avec défense et fièvre.

3 . 1 . 4 - Signes chez le partenaire

La découverte de brûlures urinaires, d’écoulement urétral anormal ou de lésions du gland chez le partenaire, sont des circonstances devant conduire à rechercher une IST chez la patiente.

Toute découverte d’une IST doit faire rechercher une autre IST associée car elles sont statistiquement plus souvent retrouvées.

3 . 2 - Moyens biologiques

3 . 2 . 1 - Prélèvements cervico-vaginal

A visée bactériologique virologique, mycologique et parasitologique
Ils doivent être réalisés

à distance d’une toilette locale, sans utilisation d’antiseptique
sans traitement depuis au moins 24h, ni spermicides
sous spéculum
prélèvement au niveau des culs de sacs vaginaux et de l’endocol

2 écouvillons sont utilisés :

un pour l’examen microscopique direct à l’état frais : étalés sur 2 lames propres en couche mince
l’autre pour l’ensemencement d’un milieu de transport fourni par le laboratoire. Il existe de nombreuses variantes : certains sont adaptés à la mise en culture des micro organismes, d’autres à la réalisation de techniques particulières (ELISA, immunofluorescence, biologie moléculaire)

La demande devra être accompagnée de renseignements cliniques susceptibles d’orienter les recherches.

A visée cytologique (recherche d’HPV)
Les cellules sont prélevées selon la technique conventionnelle à la spatule puis étalement sur lame et fixation (laque) ou par prélèvement en milieu liquide à l’aide d’une brosse que l’on agite ensuite dans le liquide fixateur. Ces prélèvements permettent de réaliser des techniques complémentaires (biologie moléculaire)

3 . 2 . 2 - Autres prélèvements

L’association d’un prélèvement urétral au prélèvement cervico-vaginale permettrait, pour certains agents pathogènes, d’accroître les chances de positivité.
Des prélèvements vulvaires, d’endomètre, de liquide péritonéal ou extra génitaux (anus, pharynx, peau…) pourront être réalisés en fonction de l’orientation clinique.

3 . 2 . 3 - La recherche d’anticorps spécifiques

Les sérologies ne sont possibles que pour un nombre limité de micro-organismes.
La recherche d’anticorps se fera, chaque fois que possible, sur deux sérums prélevés à 15 jours d’intervalle afin de mettre en évidence une séroconversion ou une augmentation significative du taux d’anticorps. Elle se fera par immunofluorescence, ELISA ou chemi-luminescence.

3 . 2 . 4 - La biologie moléculaire

Elle permet de caractériser, d’isoler et de manipuler les composants moléculaires des cellules et des organismes (ADN et ARN). Elle comprend les techniques d’hybridation moléculaire avec sonde et d’amplification génique (PCR = Polymerase Chain Reaction ou RT-PCR= Reverse Transcriptase PCR).

3 . 3 - Principaux germes en cause et examens de laboratoire :

3 . 3 . 1 - Bactéries

3 . 3 . 1 . 1 - Gonocoque

La surveillance nationale des gonococcies est faite par le réseau RENAGO des laboratoires de microbiologie volontaires. L’objectif de ce réseau est d’estimer les tendances évolutives des gonococcies en France et d’étudier la sensibilité des souches de Neisseria gonorrhoeae (Ng) à six classes d’antibiotiques.
La culture à partir d’un prélèvement endocervical +/- urétral reste la méthode de choix permettant de mettre en évidence la bactérie et de tester sa sensibilité aux antibiotiques. L’association d’un prélèvement urétral au prélèvement cervico-vaginale permettrait d’accroître les chances de positivité.

3 . 3 . 1 . 2 - Infections uro-génitales à Chlamydiae trachomatis

La surveillance nationale des infections à Chlamydiae trachomatis est faite par le réseau des laboratoires volontaires RENACHLA.

Les infections à Chlamydiae étant souvent paucisymptomatiques, le diagnostic est évoqué après un certain délai d’évolution. Il est donc rare de détecter une séroconversion ou une augmentation significative du taux d’anticorps. La sérologie est généralement peu intéressante.
Le Chlamydiae trachomatis est détecté à partir d’un prélèvement endocervical et urétral par une ou plusieurs des techniques suivantes :

culture cellulaire,
techniques de détection antigénique (immunofluorescence, ELISA)
biologie moléculaire comprenant les techniques d’hybridation moléculaire et d’amplification génique (PCR).

3 . 3 . 1 . 3 - Lymphogranulomatose vénérienne (LGV) rectale = Maladie de Nicolas-Favre

La LGV est une IST due aux bactéries Chlamydia trachomatis de sérotype L1, L2 ou L3. Endémique dans certaines régions d’Asie, d’Afrique et d’Amérique du Sud dans sa forme génitale, c’est une infection rare dans le monde occidental. Cette IST est caractérisée dans sa forme rectale par des anorectites ulcérées avec écoulement purulent ou hémorragique qui peut, par ailleurs, simuler d’autres pathologies comme la maladie de Crohn ou des carcinomes rectaux. Le diagnostic de certitude est obtenu par l’isolement des souches de C. trachomatis au niveau rectal et par le génotypage de la souche qui confirme l’appartenance au sérotype L1, L2 ou L3 ou par PCR

3 . 3 . 1 . 4 - Mycoplasma hominis et Ureaplasma urealyticum,

Ces mycoplasmes appartiennent à la flore commensale vaginale, particulièrement l’Ureaplasma urealyticum. La présence de Mycoplasma hominis en quantité importante dans un prélèvement cervico-vaginal devra attirer l’attention. Dans l’interprétation des résultats, il faudra tenir compte d’un ensemble d’arguments : site anatomique d’isolement (vaginal ou urétral), type de mycoplasme, notion quantitative, symptomatologie clinique.

3 . 3 . 1 . 5 - Syphilis (Treponema pallidum),

Le diagnostic de certitude de syphilis n’est possible qu’en cas de chancre pénien, lorsque, après prélèvement local (recueil de sérosité ou à la curette sans faire saigner), le tréponème est visualisé à l’examen au microscope à fond noir.
En l’absence de signe clinique, le diagnostic repose sur les résultats de la sérologie, confrontés aux données de l’interrogatoire (notion de contage, de signes cliniques apparents, de traitement antérieur, de résultats sérologiques antérieurs, de fausses couches spontanées, etc.). Du fait des limites de performance des tests sérologiques et du manque de fiabilité de l’interrogatoire concernant des faits parfois anciens, le diagnostic de syphilis reste donc un diagnostic présomptif, plus ou moins fiable selon les situations.

En France, selon la nomenclature actuelle des actes de biologie, le dépistage repose sur la réalisation concomitante d’un
test tréponémique qualitatif :
(TPHA=Treponema Pallidium Hemagglutination Assay ; FTA=Fluorescent Treponema Assay ou EIA). Les tests tréponémiques sont plus spécifiques car ils utilisent des antigènes tréponémiques. Ils ont pour caractéristique de rester le plus souvent positifs après traitement et ne permettent donc pas de distinguer une syphilis active d’une cicatrice sérologique
+ d’un test non tréponémique qualitatif :
(VDRL=Venereal Disease Research Laboratory ; RPR = Rapid Plasma Reagin test). Les tests non tréponémiques sont moins spécifiques car ils utilisent des antigènes cardiolipidiques. Ils ont pour caractéristique de se négativer le plus souvent après traitement et ne sont donc positifs que pour les syphilis actives. Ils peuvent parfois se négativer en l’absence de traitement dans les syphilis tardives.
La stratégie fréquemment utilisée en France, consiste à faire un dépistage en VDRL et TPHA. En cas de positivité d’au moins un des deux tests de dépistage, un titrage doit être pratiqué sur les deux tests. D’autres tests de confirmation sont prévus sans précision quant à leurs indications: western-blot IgG, recherche d’IgM et western-blot IgM comme test de confirmation des IgM. Le titrage des anticorps et l’observation de leur cinétique au cours du temps sont essentiels pour pouvoir interpréter les sérologies de syphilis. La présence d’IgM permet de confirmer le diagnostic de syphilis active. Cependant l’absence d’IgM ne permet pas d’exclure ce diagnostic avec certitude.

3 . 3 . 1 . 6 - Bacille de Ducrey (Haemophilus ducreyi) ou chancre mou

Le diagnostic repose sur l’examen direct et la culture à partir du prélèvement d’un bubon ou d’un ulcère génital.

3 . 3 . 1 . 7 - Gardnerella vaginalis

Le diagnostic peut être fait par l’examen direct de secrétions vaginales étalées entre lame et lamelle. Les sécrétions vaginales de sujets infectés par Gardnerella Vaginalis ont un PH élevé voisin de 5 et sont anormalement riches en amines (putrescine et cadavérine) qui, lorsque l’on ajoute une goutte de potasse à 10% donnent une odeur de poisson avarié.

3 . 3 . 1 . 8 - Bactéries anaérobies

Elles proviennent de la flore endogène du vagin et de l’intestin. Les espèce rencontrées sont nombreuses : streptocoques, peptostreptocoques, Bacteroides et Clostridium. Le succès de l’isolement repose sur la technique de prélèvement qui doit éviter tout contact avec l’air et une mise en culture rapide sur des milieux adaptés.
L’actinomycose, est une affection bactérienne rare, souvent méconnue. Le germe responsable le plus commun est l’Actinomyces israelli, bactérie anaérobie Gram positif, hôte saprophyte habituellement trouvé dans la cavité buccale, le tube digestif et occasionnellement dans le tractus génital féminin. La localisation la plus fréquente de l'actinomycose est cervicofaciale (50-60 %), thoracique (20-25 %) et plus rarement abdominale (15-20 %) et pelvienne (5%). Mais l’actinomycose pelvienne, infection rare mais sérieuse, reste la préoccupation essentielle du gynécologue ou de la sage-femme chez une femme porteuse de DIU ayant des frottis positifs pour actinomyces.

3 . 3 . 2 - Virus

3 . 3 . 2 . 1 - Herpès génital

On distingue l’Herpes Simplex Virus (HSV) de type1 et de type2.
L’HSV1 est responsable de 95 % des herpès oro-faciaux, ainsi que bon nombre d'herpès neuro-méningés et ophtalmiques. Selon les études il est aussi responsable de 20 à 40 % des herpès génitaux par contamination oro-génitale.
L’HSV-2 est responsable principalement de l’herpès génital, mais aussi de 5 % des herpès oro-faciaux.
Les sérologies de l’herpès n’ont d’intérêt que dans les primo-infections et ne permettent pas de différencier HSV1 et HSV2.
La culture cellulaire après prélèvement est la méthode de référence. L’identification du type 1 ou 2 est facilement réalisée par immunofluorescence.

3 . 3 . 2 . 2 - Papillomavirus

L’aspect cytologique ou histologique sur biopsies (koïlocytes) évoque ou affirme le diagnostic de condylome.
La culture n’étant pas possible, seules les méthodes immunohistochimiques avec mise en évidence d’une surexpression de p16 corrélée à la présence de sous types viraux oncogènes ou surtout la biologie moléculaire par hybridation en milieu liquide ou PCR permettent d’apporter la preuve et d’identifier le type viral. Il existe de nombreux sérotypes dont certains sont à haut risque d’évolution vers un cancer.

3 . 3 . 2 . 3 - Virus de l’Hépatite B (VHB)

Dans le bilan d’une IST, il est important de rechercher une hépatite B même si les symptômes de l’infection au VHB n’orientent pas vers la sphère génitale.
Le diagnostic des hépatites est un diagnostic sérologique. Il repose sur la mise en évidence d'IgM spécifiques. Les IgG qui persistent toute la vie et permettent de connaître le statut immunitaire vis à vis de cette infection.

3 . 3 . 2 . 4 - Virus de l’Immunodéficience Humaine (VIH)

Dans le bilan d’une IST, il est impératif de rechercher le VIH.
Le diagnostic biologique de l’infection due au VIH repose sur les marqueurs biologiques (anticorps et antigènes) recherchés en pratique courante à partir d’un prélèvement sanguin.

3 . 3 . 3 - Mycoses / levures :

3 . 3 . 3 . 1 - Candidas (Albicans, Glabrata, tropicalis….)

Les Candidas regroupent des levures filamenteuses saprophytes de la peau et des muqueuses pouvant devenir pathogènes lors de circonstances favorisantes. Des 80 espèces de Candidas, la plus fréquemment isolée (90%) est le Candida Albicans. Le diagnostic biologique repose sur la découverte de levures ou filaments à l’état frais avec ou sans potasse à 10% et en coloration de Gram, à partir d’un prélèvement de sécrétions vaginales ou un écouvillonnage des culs de sacs vaginaux. La culture, indispensable, utilise le milieu de Sabouraud, où les levures poussent en 24 à 48 heures (parfois plus) à température ambiante. L’interprétation doit tenir compte de l’abondance des cultures.

3 . 3 . 4 - Parasites

3 . 3 . 4 . 1 - Trichomonas vaginalis

L’identification de ce protozoaire flagellé mobile se fait par l’examen direct au microscope à l’état frais des prélèvements pratiqués des sécrétions vaginales, cervicales ou urétérales, diluées dans du sérum physiologique et maintenue à 37°C entre lame et lamelle.
L’examen du culot des urines centrifugées peut être utile en cas de signes urinaires associés. Une coloration est parfois nécessaire pour les identifier (Crésyl ; Acridine orange ; May-grünwlad-Giemsa ; Papanicolaou).
La culture sur un milieu spécifique (Roiron) sera pratiquée dans les cas difficiles.
La Trichomonas peut être identifiée aussi par des anticorps fluorescents.

3 . 3 . 5 - Conclusion sur le dépistage des infections génitales

Il existe souvent une association d’agents pathogènes responsables d’infections génitales. La prévention et le traitement de ces infections sont des objectifs de santé publique. Les méthodes biologiques permettant d’en faire le diagnostic étiologique sont variées. Des progrès ont été réalisés avec le développement des techniques de détection antigénique et de biologie moléculaire.

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