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3.2.5. Le diagnostic bactériologique

Le prélèvement peut avoir un intérêt en endodontie pour mieux adapter les techniques de désinfection, principalement lorsqu'on désire assurer une certaine stérilité du canal instrumenté avant l'obturation finale.

Une approche moléculaire s'est développée, souvent associée à une amplification génomique (séquences d'ADNr 16S-PCR, PCR multiplex…), mais aucune méthode n'est actuellement capable de répertorier et de quantifier chaque micro-organisme présent dans l'endodonte.
Les études culture-indépendantes indiquent que des bactéries encore non-cultivées peuvent participer aux infections endodontiques : plus de 4 à 55% de la flore microbienne est composée de phylotypes bactériens, c'est-à-dire d'espèces connues uniquement par une séquence génétique rRNA 16S et qui n'ont pas encore été complètement caractérisées ni mises en culture. On ne connaît pas le rôle de ces phylotypes dans la pathogénèse des différentes formes de parodontites apicales.