Le prélèvement

Le prélèvement permet un compte rapide et une première identification morphologique au microscope des bactéries présentes ; par isolement et culture, il en permet ensuite l'identification fine. Le prélèvement peut intervenir au début, pendant et à la phase finale du traitement.
La mise en culture des prélèvements endodontiques pose de nombreuses difficultés, à cause en particulier des exigences des bactéries anaérobies, et c'est ce qui explique qu'ils ne sont pas de routine en endodontie.
Les résultats peuvent aussi être faussés par des erreurs de manipulation au cours du prélèvement. Ainsi, une culture peut montrer des microorganismes, alors que le système canalaire est stérile, ou révéler la présence de bactéries qui n'appartiennent pas à la flore endocanalaire, mais sont en fait des contaminants issus de la salive, d'une cavité carieuse ; c'est un faux-positif. Ou bien aucun microorganisme ne sera cultivé alors que le système canalaire est infecté ; c'est un faux-négatif. L'examen au microscope permet en général de révéler l'existence de faux-positifs ou de faux-négatifs.

Prélèvement transcoronaire

Pour éliminer tout risque de faux-positif, il faut prendre de rigoureuses précautions de stérilité au cours du prélèvement : masque, gants, instruments stériles, et surtout digue sont bien sûr indispensables.
Avant de pénétrer dans la chambre pulpaire, la dent et la cavité d'accès sont nettoyées à l'eau oxygénée à 30% d'abord, puis à la teinture d'iode, neutralisée ensuite avec une solution de thiosulfate de sodium. Un prélèvement de contrôle est alors effectué.

Après avoir ménagé l'accès à la chambre pulpaire, quelques gouttes de liquide de transport sont déposées à l'entrée du canal pour instrumentation, jusqu'à 1 mm de l'apex, en créant des mouvements de pompage. Une pointe de papier (ou plusieurs successivement si nécessaire) est insérée dans le canal et laissée en place jusqu'à ce qu'elle absorbe tout le liquide. Puis, elle est transférée dans un tube contenant le milieu de transport. On peut penser que c'est la dernière pointe qui récoltera les bactéries de l'apex ou des parois.
Pour éliminer tout risque de faux-négatif, on doit prendre des précautions, en particulier pour assurer la survie des bactéries anaérobies strictes. La quasi-impossibilité de ménager un champ opératoire en conditions d'anaérobiose oblige à effectuer le prélèvement aussi rapidement que possible dès l'ouverture de la chambre pulpaire. Les cônes de papier imprégnés sont déposés dans un milieu dit de transport : une solution saline appauvrie en oxygène par réduction, qui permettra l'acheminement au laboratoire de bactériologie. L'ensemencement sur milieux préréduits est effectué au plus tôt, de préférence dans une enceinte anaérobie. De même, on veillera à neutraliser les solutions antiseptiques utilisées pour la stérilisation de la cavité d'accès (le thiosulfate de sodium pour neutraliser la teinture d'iode) afin qu'elles n'aient aucun effet sur les bactéries endocanalaires à mettre en culture.

Prélèvements périapicaux

Le prélèvement dans une fistule requiert une désinfection de la muqueuse sur 1 cm autour de l'entrée de la fistule. Les premiers 3 mm de la fistule sont ensuite aseptisés à l'aide d'un cône de papier imprégné d'eau oxygénée à 30% ou de teinture d'iode, neutralisée ensuite avec une solution de thiosulfate de sodium. Le prélèvement est réalisé avec une pointe de papier enfoncée le plus profondément possible.
En l'absence de fistule, le prélèvement de pus se fera après incision, sur un coton mis en culture, ou mieux, à la seringue qui permet de bien conserver les conditions d'anaérobiose. Quand une résection apicale est indiquée, on prélève les tissus infectés : apex, granulome, kyste, os.