Les microsporidies sont des eucaryotes dépourvus de mitochondries. Des études récentes les placent dans le règne des champignons et non des protozoaires. Il existe plus de 1000 espèces, parasitant de nombreux hôtes vertébrés et invertébrés. Seules quelques espèces sont parasites de l’homme ; les principales sont : Enterocytozoon bieneusi, Encephalitozoon intestinalis et Encephalitozoon hellem. D’autres espèces sont observées de façon beaucoup plus exceptionnelle :
Le parasite se multiplie dans les cellules entérocytaires avec une phase mérogonique (multiplication asexuée) puis une phase sporogonique conduisant à la formation de spores, dont la taille est comprise entre 1 et 3 μm suivant les espèces. Les spores sont éliminées avec les selles ou les urines suivant les espèces, et disséminées dans le milieu extérieur.
Les spores infectent les cellules par un mécanisme très original, consistant à « injecter » le matériel nucléaire qu’ils contiennent à travers un filament qui perfore la paroi de la cellule.
Une fois à l’intérieur de la cellule, la multiplication parasitaire conduit à une invasion progressive de son cytoplasme puis à la formation de nouvelles spores.