Le diagnostic de "myiase" au sens large est évident si un ou des asticots sont visibles au fond d’un pertuis, ou sont apportés par le patient. Dans ce dernier cas toutefois il faut pousser l’interrogatoire pour éviter de tomber dans le piège d’un syndrome d’Ekbom.
Dans le cas d’une myiase rectale, l’examen des selles par le patient peut livrer la clé des problèmes digestifs de celui-ci avec le rejet des "larves à queue de rat".
Celles-ci pourront éventuellement être vues à la rectoscopie ou à la colonoscopie basse et extirpées par la même occasion.
En cas de suspicion d’hypodermose, des examens biologiques montreront une hyper éosinophilie sanguine et/ou rachidienne, et des réactions immunologiques positives avec les antigènes d’H. bovis, ce qui apporte la certitude diagnostique. En cas de positivité une surveillance régulière du fond d’œil doit être instituée.
Il ne peut être réalisé que par un spécialiste. Il se fera principalement sur la structure des spiracles postérieurs ; ceux des larves de stades III étant les plus caractéristiques.
En cas de besoin on pourra avoir recours à la forme des sclérites buccaux.