Il est long, très toxique, difficile à mettre en Ĺ“uvre, et réservé à des équipes spécialisées. De plus, des résistances au traitement existent.
En phase lymphatico-sanguine, l’iséthionate de Pentamidine (PENTACARINAT®) est utilisée dans le cas d’une atteinte par T. b. gambiense et la suramine sodique (GERMANINE®) avec T. b. rhodesiense.
En phase neurologique, un dérivé de l’arsenic le Mélarsorpol (ARSOBAL®), qui passe la barrière méningo-encéphalique, est très efficace. Sa toxicité est considérable (environ 5% d’encéphalopathie arsenicale, le plus souvent mortelle).
Le difluorométhyl-ornithine (DFMO) (EFLORNITHINE®), pour les échecs au traitement par l’Arsobal, est d’utilisation délicate sur le terrain. Il est inactif sur T. b. rhodesiense.
La combinaison de l’éflornithine et du nifurtimox (LAMPIT®) connue sous le nom de NECT (Nifurtimox-Eflornithine Combination Therapy), constitue aujourd’hui le traitement de première ligne recommandé par l’OMS pour l’infection à T. b. gambiense.