Le diagnostic de « myiase » au sens large est évident si un ou des asticots sont visibles au fond d'un pertuis ou sont apportés par le patient. Dans ce dernier cas toutefois, il faut pousser l'interrogatoire pour éviter de tomber dans le piège d'un syndrome d'Ekbom.
En cas de suspicion d'hypodermose, des examens biologiques montrent une hyperéosinophilie sanguine et/ou méningée, et des réactions immunologiques positives avec les antigènes d'Hypoderma bovis, qui apporte la certitude diagnostique. En cas de positivité, une surveillance régulière du fond d'œil doit être instituée.
Le diagnostic d'espèce ne peut être réalisé que par un spécialiste. Il se fait principalement sur la structure des stigmates respiratoires ou des crochets (sclérites) buccaux.