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Il existe plusieurs classes de bactéries en fonction de leurs rapports avec l’oxygène.
Les bactéries aérobies strictes ne se développent qu’en présence d’air. Leur source principale d’énergie est la respiration. L’oxygène moléculaire, ultime accepteur d’électron, est réduit en eau (Pseudomonas, Acinetobacter, Neisseria).
Les bactéries microaérophiles se développent mieux ou exclusivement lorsque la pression partielle d’oxygène est inférieure à celle de l’air (Campylobacter, Mycobacteriaceae).
Les bactéries aéro-anaérobies facultatives se développent avec ou sans air. C’est le cas de la majorité des bactéries rencontrées en pathologie médicale : les entérobactéries (Escherichia, Salmonella), les streptocoques, les staphylocoques. L’énergie provient de l’oxydation des substrats et de la voie fermentaire.
Les bactéries anaérobies strictes ne se développent qu’en absence totale ou presque d’oxygène qui est le plus souvent toxique. Ces bactéries doivent se cultiver sous atmosphère réductrice. La totalité de l’énergie est produite par fermentation. C’est le cas des bactéries intestinales (Bacteroides, Fusobacterium, Clostridium) et de nombreuses bactéries présentes dans les flores normales de l’organisme. La production d’énergie se fait grâce aux cytochromes membranaires couplés à des phosphorylations oxydatives mais en l’absence d’oxygène moléculaire. La toxicité de l’oxygène s’explique par la production de radicaux superoxydes que les bactéries anaérobies ne peuvent pas détruire (absence de superoxyde dismutase) et/ou par l’absence d’une activité enzymatique à type de catalases et de peroxydases.