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Il peut être divisé en traitements symptomatiques et spécifiques.
Dans la grande majorité des cas, le traitement repose sur des transfusions itératives. Celles-ci devront maintenir une hémoglobine sanguine supérieure à 100 g/L pour donner au patient une qualité de vie la plus normale possible.
Ces transfusions se compliquent toujours de surcharge en fer ou d'hémochromatose post-transfusionnelle. Celle-ci devra être prévenue dès que le taux de ferritine deviendra supérieur à 1000 ng/mL
L'érythropoïétine recombinante permet à plus de 60 % des patients d'obtenir une indépendance transfusionnelle mais de durée limitée.
Il faut éviter de transfuser ces patients en plaquettes sauf en cas d'hémorragies graves ou de gestes chirurgicaux pour éviter l'allo-immunisation.
Des facteurs de croissance plaquettaires, mimant l'action de la thrombopoïétine, sont actuellement en développement avec une efficacité dans 50 % des cas.
Les facteurs de croissance granuleux sont peu efficaces. En cas d'infection, il faut traiter ces patients comme des patients présentant une neutropénie.
Elle doit être réservée à des patients jeunes dont le risque d'évolution leucémique est élevé.
Elle est la seule thérapeutique curatrice des SMD. L'âge élevé des patients fait préférer les greffes à conditionnement atténué, moins toxiques que les greffes à conditionnement myélo-ablatives.