Si les hétérozygote ne sont pas reconnaissables (dominance complète d’un allèle), dans l’hypothèse où les génotypes sont en équilibre, les fréquences géniques et les fréquences de génotypes peuvent être estimées si la fréquence de l’homozygote rare est connue.
Supposons une maladie récessive liée à des mutations homozygote d’un gène biallélique, A représentant l’allèle normal et a l’allèle muté.
Le phénotype des individus présentant les génotypes AA et Aa est identique.
Par contre, la proportion d’individus aa correspond à q2.
On peut donc en déduire q= √ q2 ; p= 1-q
La fréquence des hétérozygotes Aa correspond à 2pq et peut être calculée
2pq = 2 x √q2 x (1- √q2)
Si q est très petit, 1 - √q2 est très proche de 1, donc 2pq ~ √q2
Exemple: la phénylcétonurie est une maladie récessive autosomique qui atteint un enfant sur 10 000.
q = √1 / 10 000 = 1 / 100
2 pq = 2 x 1/100 x (1 – 1/100)
1 – 1/100 = 99/100 : très peu différent de 1 ; donc 2pq ~ 2 X 1/100 ~ 1/50
La situation est plus simple. Les hommes ne possédant qu’un seul chromosome X, la fréquence de l’allèle morbide est égale à la proportion de garçons qui sont atteints.
| Maladie récessive liée au chromosome X | |||||
| Garçon | Filles | ||||
| Phénotype | Sain | Malade | Sain | Saine | (Malade) |
| Génotype | A | A (I) | AA | Aa (H) | aa |
| Fréquence | p | q | p2 | 2pq | q2
|
On connait I, l’incidence de la maladie dans la population masculine = q
La fréquence des filles hétérozygotes, H est donc égale à :
2 X q X (1 –q)
Si q est très petit : H= 2I (il y a deux fois plus de femmes hétérozygotes que de garçon atteints).
Population N ---> nombre d'allèles = 2N
Nombre d’individus AA= x
Nombre d’individus BB= y
Nombre d’individus AB= z
2x+z
Fréquence de l’allèle A : p = ------
2N
2y+z
Fréquence de l’allèle B : q = -------
2N
Nombres attendus= AA: p2 x N ,
AB: q2 x N,
BB: 2pq x N
Nombres observés= fréquence des phénotypes
On fait un test de X2
EXEMPLE
Genotypes associated with myocardial infarction risk are more common in African Americans than in European Americans.
Lanfear DE, et al J Am Coll Cardiol. 2004 Jul 7;44(1):165-7
Les auteurs ont étudié la fréquence des différents génotypes dans trois gènes dans deux groupes de population: 95 Afro-Américains (AA), et 95 américains d’origine européenne (EA)
| Polymorphisme | GJA-4 (C10009T) | MMP-3 (–1171delA) | PAI-1 –668delG | ||||||
| Genotype | C/C | C/T | T/T | -/- | -/A | A/A | -/- | -/G | G/G |
| AA nombre % | 24 (25.3) | 52 (54.9) | 19 (19.8 ) | 2 (2.2) | 19 (19.8) | 74 (78) | 7 (7.6) | 35 (37) | 53 (55.4) |
| EA nombre % | 46 (48.4) | 42 (44.1) | 7 (7.5) | 30 (32.3) | 42 (44.1) | 23 (23.6) | 37 (38.7) | 44 (46.2) | 14 (15.1) |
Pour le polymorphisme GJA-4 (C10009T)
Dans la population AA : nombres observés
Fréquence de l’allèle C : (24 X 2) + 52 = 100 = 0,526
---------------- -----
95 X 2 190
Fréquence de l’allèle T : (19 X 2) + 52 = 90 = 0,474
---------------- ----
95 X 2 190
Nombres attendus :
• génotype C/C : (0,526 ) 2 X 95 = 26,2
• génotype C/T : 2 X 0,526 X 0,474 X 95 = 47,3
• génotype T/T : ( 0,474 )2 X 95 = 21,3
x 2 : Σ(o-e)2 = (24-26.2)2 + (52-47.3)2 + (19-21.3)2 = 0.185+ 0.47 + 0.25 = 0.9
-------- ----------- ------------ ----------
e 26.2 47.3 21.3
(p entre 0.3 et 0.5 : non significatif)
