Le facteur rhumatoïde (FR) est une immunoglobuline, de type IgM le plus souvent, ayant une activité anticorps dirigée contre les immunoglobulines G humaines ou animales. Il était classiquement recherché par la réaction de Waaler-Rose (globules rouges de mouton sensibilisés par du sérum de lapin anti-globules rouges de mouton, la réaction se faisant contre les immunoglobulines anti-globules rouges) ou le test au latex (particules de polyester recouvertes d’immunoglobulines humaines, seuil de positivité 1/80e de dilution). Actuellement, la détection du FR par néphélométrie laser (technique automatisable exprimée en unités) ou par la technique ELISA est plus répandue et plus sensible (seuil : 20 UI/ml).
Au début de la polyarthrite rhumatoïde, la recherche de FR est positive dans 50 % à 60 % des cas environ. La présence d’un taux significatif de facteur rhumatoïde dès le début de la maladie est un élément de mauvais pronostic. Mais la présence de facteur rhumatoïde est loin d’être synonyme de polyarthrite rhumatoïde : le FR n’est ni indispensable ni suffisant pour affirmer le diagnostic. Sa spécificité est de 75 % à 85 % et sa sensibilité de 70 % à 80 % (cf. tableau 16.I).
Le FR n’a pas de rôle direct dans le développement de la synovite rhumatoïde comme l’atteste le développement de polyarthrites très érosives chez des patients n’ayant pas de facteur rhumatoïde. À l’inverse, le facteur rhumatoïde est impliqué dans certaines complications extra-articulaires, en particulier dans la vascularite où il se dépose dans la paroi des vaisseaux et forme des complexes immuns de taille intermédiaire activant le complément et induisant l’inflammation vasculaire.

Les anticorps anti-peptides citrullinés (ou anti-CCP) sont des anticorps de développement récent. Ils sont très intéressants pour le diagnostic précoce des polyarthrites rhumatoïdes. Lorsque ce dosage est positif, il permet de prédire avec une spécificité supérieure à 95 % le diagnostic de polyarthrite rhumatoïde mais il peut cependant être retrouvé positif dans d’autres maladies inflammatoires (par exemple chez 5 % des syndromes de Gougerot-Sjögren).
Les anticorps anti-kératine ou anti-filagrine sont des anticorps de type IgG dirigés contre la filagrine, protéine qui joue un rôle dans l’assemblage des filaments intermédiaires des kératinocytes. On les trouve chez 6 % à 40 % des polyarthrites rhumatoïdes négatives pour le facteur rhumatoïde.
On sait maintenant que ces anticorps reconnaissent des peptides citrullinés, dont la fibrine modifiée présente dans l’articulation rhumatoïde.

On les retrouve dans environ 15 % à 30 % des cas et à titre généralement assez faible (de type anti-SSA et anti-SSB parfois). Les anticorps anti-ADN natif ne sont pas retrouvés au cours de la polyarthrite rhumatoïde ; leur présence doit faire évoquer le diagnostic de lupus érythémateux disséminé (LED).