Les modifications portent successivement sur le lécithocèle et les différentes parties du mésenchyme extra-embryonnaire, elles s’achèvent avec la mise en place de la circulation sanguine.
Le lécithocèle émet vers le seizième jour un diverticule qui s'enfonce dans le pédicule embryonnaire : le diverticule allantoidien.
Le mésenchyme extra‑embryonnaire va se différencier à partir du dix‑huitième jour.
1) Au dix‑huitième jour, c'est autour de ce diverticule allantoidien et à son contact qu'apparaissent les cellules sexuelles primitives ou gonocytes primordiaux. Ces cellules migreront ultérieurement vers les ébauches des gonades et seront à l'origine des cellules de la lignée germinale (spermatogonies ou ovogonies).
2) Certaines cellules mésenchymateuses se groupent en petits massifs, les îlots de Wolff et Pander (ou ilôts vasculo-sanguins). Dans chaque îlot, les cellules périphériques s’allongent et forment ensemble l’ébauche des parois des vaisseaux, tandis que les cellules centrales s’arrondissent et se transforment en cellules souches des lignées sanguines. De telles ébauches vasculaires apparaissent dans presque tout le mésenchyme extra-embryonnaire :
