Les adultes et les larves enchâssés dans la muqueuse duodénale sont responsables de phénomènes inflammatoires peu douloureux et de troubles du transit. La migration des larves issues des cycles directs endogènes, favorisée par un ralentissement du transit, entraîne des manifestations cutanées allergiques (larva currens, urticaire). Une immunodépression, surtout médicamenteuse (corticoïdes…), parfois rétrovirale (HTLV-I, VIH rarement), peut favoriser un emballement du cycle endogène et une dissémination massive de larves (anguillulose maligne). La létalité importante est liée à la dissémination des bactéries entériques transloquées du tube digestif aux différents tissus (sang, poumon, méninges) par les larves strongyloïdes.