Cours
1.1. Ecosystème buccal
1.1.1. Notions d'écologie
Ecologie
L'écologie est l'étude des relations des organismes entre eux et des organismes avec leur milieu.
Ecosystème
Un écosystème est un système d'interactions établies entre des groupes d'organismes et leur milieu physique ou inanimé. Un écosystème est composé de deux parties principales : la communauté biotique, qui comprend tous les organismes vivants de l'écosystème, et le milieu abiotique, qui comprend tous les éléments physiques et biochimiques de l'écosystème.
Au sein d'un écosystème, les organismes s'agencent en groupes :
Population
Une population est un groupe d'individus de la même espèce vivant ensemble dans un même habitat.
Communauté
Une communauté est un groupe de populations, réunies de façon naturelle, vivant ensemble dans le même habitat.
Habitat
L'habitat d'un organisme est le site où il s'établit dans l'écosystème.
Niche
La niche d'un organisme désigne l'habitat qu'il occupe en même temps que le rôle qu'il y tient. La notion de niche englobe celle d'habitat et la complète par une notion de fonction.
Espèces indigènes
Les espèces indigènes sont les espèces habituellement présentes dans la bouche.
Espèces indigènes majoritaires
Les espèces indigènes majoritaires sont les espèces présentes en grand nombre (1% et plus), ce qui rend leur détection facile par les méthodes classiques d'isolement et de culture.
Espèces indigènes minoritaires
Les espèces indigènes minoritaires sont normalement présentes mais en faible quantité (< 1%) ; leur détection requiert des techniques élaborées, ce qui explique qu'elles sont souvent ignorées ou irrégulièrement décrites. Les espèces indigènes, majoritaires et minoritaires, constituent ensemble la flore normale, encore appelée flore commensale.
Autochtones
Autochtones définit certaines espèces de la flore indigène exclusives à la cavité buccale.
Allochtones
Allochtones définit certaines espèces qui transitent occasionnellement par la cavité buccale sans s'y établir de façon durable ; elles appartiennent à la flore de passage.
Une sélection périodique favorisera l’implantation de nouveaux clones.
Tous les organismes d'un écosystème sont dépendants du milieu abiotique, mais sont aussi dépendants les uns des autres. Cette interdépendance au sein de la communauté biotique est particulièrement manifeste dans la recherche et l'utilisation de substances nutritives pour satisfaire leurs besoins énergétiques.
Symbiose
La symbiose définit une association étroite entre populations, qui existe sous trois formes : le mutualisme, le commensalisme, le parasitisme.
Mutualisme
Le mutualisme (synergisme) est une relation symbiotique dont deux populations tirent profit.
Commensalisme
Le commensalisme est une relation dont une population tire profit, alors que l'autre n'en subit aucun préjudice et n'en retire aucun bénéfice.
Parasitisme
Le parasitisme est une relation symbiotique dont un organisme tire profit au détriment d'un autre.
Il y a compétition entre deux organismes lorsque l'un et l'autre ont besoin de s'approprier la même ressource (espace, nutriment). On distingue deux types de compétition :
- La compétition entre populations d'espèces différentes est la compétition interspécifique : deux populations ne peuvent pas occuper la même niche écologique (principe d'exclusion compétitive). L'organisme le plus apte à utiliser une ressource commune finit par dominer l'autre, jusqu'à le faire disparaître de l'habitat.
- La compétition entre populations de la même espèce est la compétition intraspécifique. Ce type de compétition résulte de l'augmentation de la densité d'une population : plus le nombre des individus dans une population est élevé, plus la compétition est grande pour se partager les nutriments disponibles. La phase de plateau d'une courbe de croissance bactérienne en est l'illustration. L'épuisement du milieu consécutif à l'augmentation du nombre des individus, ne permet plus de croissance ultérieure. Une même espèce bactérienne peut aussi coloniser plusieurs sites avec des clones différents. Ces clones pourront continuer à coexister dans la bouche s’ils occupent des sites exclusifs. Ils entreront en compétition active lorsqu'un clone sera propagé jusqu'à un autre site. La compétition entre les clones résultera en une sélection périodique qui favorisera le clone le mieux adapté et fera disparaître le moins adapté.