La seule prévention connue est la lutte contre le tabagisme et l’alcoolisme.
Le dépistage et la surveillance systématique de l’œsophage de Barrett n’a pas permis une diminution de la mortalité à l’échelle d’une population. À l’échelle individuelle, la surveillance endoscopique d’un œsophage de Barrett (dépistage des plages de métaplasie intestinale) est recommandée tous les deux ans en l’absence de dysplasie avec un protocole de biopsies systématiques précis (4 biopsies tous les 2 cm). L’apparition d’une dysplasie de bas grade impose un contrôle endoscopique 2 mois après un traitement par un inhibiteur de la pompe à protons à double dose. Si la dysplasie de bas grade est confirmée, la surveillance recommandée est une endoscopie digestive haute à 6 mois puis tous les ans avec biopsies étagées. La découverte d’une dysplasie de haut grade confirmée sur deux prélèvements et par deux anatomopathologistes est considérée comme un cancer in situ et impose un bilan pré-thérapeutique puis un traitement (cf. ci dessous).