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Les MICI correspondent à une inflammation chronique de l'intestin, évoluant par poussées, de cause précise inconnue, probablement multifactorielle (génétique, immunologique, environnementale).
Elles sont classées en deux entités principales, maladie de Crohn et rectocolite hémorragique (RCH), en fonction de critères cliniques, endoscopiques et histologiques. Certains cas sont difficiles à classer dans l'une ou l'autre de ces catégories : elles sont dites « MICI inclassées ».
Le diagnostic est suspecté sur un faisceau d'arguments cliniques et biologiques. Dans tous les cas, une endoscopie doit être réalisée qui permettra de voir les lésions et de faire des biopsies pour examen anatomopathologique.
Les biopsies doivent être :
N.B : les biopsies sont des prélèvements superficiels et n'intéressent que la muqueuse et éventuellement la partie superficielle de la sous-muqueuse.
L'étude de toute la paroi digestive à la recherche de l'ensemble des caractéristiques permettant de classer la MICI se fait sur une pièce opératoire lorsqu'une résection chirurgicale est pratiquée au cours de l'évolution de la maladie.
Les deux entités de MICI sont caractérisées histologiquement par une muqueuse inflammatoire, avec des anomalies de l'architecture des glandes témoignant du caractère chronique de l'inflammation.
Les autres éléments histologiques plus discriminants, sans être spécifiques, qui permettent le plus souvent de classer la MICI sont développés dans la suite du chapitre.