Les manifestations cliniques sont très différentes selon les sexes : manifestations bruyantes chez la femme, a contrario l'homme est souvent porteur asymptomatique.
La période d'incubation silencieuse est en moyenne de 7 à 10 jours (5 à 28 jours).
La forme classique de la vulvo-vaginite aigüe à T. vaginalis (25 % des vulvo-vaginites) associe des leucorrhées spumeuses, aérées, jaune vert, (parfois blanchâtres) continuelles et nauséabondes, un prurit vulvaire avec sensation de brûlure, des dyspareunies et parfois une cystite (dysurie, pollakiurie, brûlures mictionnelles).
A l'examen, la vulve est rouge vif avec un exsudat et l'introduction du spéculum est douloureuse. La muqueuse vaginale est rouge écarlate avec un piqueté hémorragique plus foncé.
La ménopause et la période suivant les règles favorisent la trichomonose en raison de l'alcalinisation du pH vaginal.
Le parasite se localise aux glandes urétrales, à la prostate, aux vésicules séminales. Il est difficile à mettre en évidence.
Le patient peut présenter une urétrite subaiguë avec un écoulement urétral plus ou moins purulent. Il peut aussi exister des signes urinaires (dysurie, pollakiurie). Les complications à type de prostatites sont exceptionnelles.
La plupart du temps le patient est asymptomatique ou pauci-symptomatique (qui se traduit seulement par une goutte de sérosité matinale au niveau du méat).
L’absence de signes cliniques favorise la dissémination de la maladie.