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Le diagnostic repose sur l'anamnèse, l'examen des selles, la radiographie abdominale (ASP), la sigmoïdoscopie et l'analyse de biopsies de côlon. Des signes biologiques peuvent être associés à la RCH comme une augmentation des protéines de l'inflammation et de la vitesse de sédimentation, une thrombocytose et une baisse de l'hémoglobine.
La sigmoïdoscopie permet d'observer une muqueuse érythémateuse d'aspect granuleux, parfois hémorragique, œdémateuse ou ulcéreuse. Les signes cliniques macroscopiques disparaissent plus vite que les lésions histologiques, et des biopsies en zone cliniquement saine peuvent être utiles.
L'examen anatomopathologique montre une muqueuse avec des anomalies des villosités coliques et des amas de cellules inflammatoires : polynucléaires neutrophiles, lymphocytes, plasmocytes et macrophages. Les lésions sont limitées aux régions superficielles et épargnent la sous-muqueuse.
Le diagnostic repose sur l'anamnèse, les examens radiologiques, l'endoscopie et les examens anatomopathologiques.
Les images radiologiques sont variées, avec des épaississements de la paroi intestinale, des zones de diminution de la lumière intestinale, et, en fonction des lésions, l'observation d'abcès, d'ulcères, de fistules. L'endoscopie permet d'observer des lésions aphteuses ou ulcératives dans les formes débutantes, puis des zones d'ulcération plus ou moins étendues.
L'examen anatomopathologique met en évidence des lésions inflammatoires de toute l'épaisseur de la paroi intestinale, de la muqueuse à la séreuse. Ces lésions forment des granulomes non caséeux.
L'implication d'anomalies de l'immunité humorale dans ces deux maladies a conduit à la recherche de marqueurs permettant de différencier la RCH de la maladie de Crohn par des examens sérologiques. Schématiquement, la RCH est associée à la présence d'anticorps anti-cytoplasme des polynucléaires (ANCA) donnant une image périnucléaire particulière. La maladie de Crohn est caractérisée par la présence d'anticorps dirigés contre les mannanes notamment de Saccharomyces cerevisiae, encore appelés ASCA.
Les MICI présentent des caractéristiques cliniques également observées dans d'autres pathologies digestives, infectieuses ou non. Même lorsque le diagnostic de MICI est posé, dans 10 à 20 % des cas la distinction entre RCH et maladie de Crohn restera impossible. On appelle ces formes « colites indéterminées ».
Des manifestations extra-intestinales s'observent chez environ un tiers des patients et surtout chez ceux présentant une RCH périanale. Elles peuvent être dermatologiques, articulaires, oculaires, hépatobiliaires ou urologiques. Ces patients sont également à risque de pathologie thromboembolique, d'ostéoporose, de manifestations cardio-pulmonaires et d'insuffisance rénale.