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La maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique sont les deux principales Maladies Inflammatoires Chroniques Intestinales ou « MICI », appelées « Inflammatory Bowel Diseases » (IBD) par les Anglo-Saxons.
Il existe un gradient Nord-Sud dans l'incidence de ces maladies, nettement plus fréquentes dans les pays nordiques et anglo-saxons. L'incidence la plus forte est observée chez les Juifs Ashkénazes. Il existe une prédisposition génétique au développement de ces maladies, souvent observées chez plusieurs membres d'une même famille, avec, pour la maladie de Crohn, des concordances entre les sites anatomiques atteints chez plusieurs membres d'une fratrie. Plusieurs pathologies à substratum génétique sont aussi significativement associées aux MICI.
Le rôle de l'environnement est néanmoins important. L'incidence est plus faible dans les classes sociales défavorisées et dans les populations rurales qui vivent dans des conditions d'hygiène moins strictes. Le tabac joue un rôle ambivalent. Il semblerait protéger contre la RCH alors que c'est un facteur favorisant de la maladie de Crohn. Des facteurs psychosociaux comme un deuil ou un divorce peuvent parfois être le facteur déclenchant d'une MICI.
En France, trois registres permettent d'évaluer que l'incidence standardisée pour la maladie de Crohn varie selon les régions de 2,8 à 5,7.10-5 et celle de la RectoColite Hémorragique (RCH) de 2,7 à 3,2.10-5.
Il semble exister deux pics de fréquence en fonction de l'âge : un entre 15 et 30 ans et un second entre 60 et 80 ans. Le sexe ratio est de 1:1 à 1.8:1 pour la maladie de Crohn, il n'y a pas de différence d'incidence en fonction du sexe pour la RCH.