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Le neurocrâne est lui‑même subdivisé en deux parties, la base du crâne et la voûte du crâne :
1) La base du crâne ou chondrocrâne résulte d'une ossification de type enchondrale intervenant aux dépens de massifs cellulaires mésenchymateux qui entourent l'extrémité antérieure de la chorde et latéralement de massifs cellulaires dérivés des sclérotomes des somites occipitaux. Ces massifs donnent naissance à des zones cartilagineuses qui s’ossifient secondairement ; ainsi se constituent les ébauches de plusieurs pièces du squelette :
Les différentes ébauches cartilagineuses, en même temps qu'elles s'ossifient, fusionnent entre elles en respectant des zones de mésenchyme traversées par les fibres nerveuses des ébauches des nerfs crâniens, ces zones deviendront les orifices de la base du crâne.