Il a, très schématiquement, trois volets.
1. Correction optique totale
La correction optique totale est déterminée par cycloplégie (cyclopentolate ou atropine à concentration variable selon l’âge). La correction optique devra être portée en permanence avec des montures adaptées au faciès de l’enfant (monture plastique, pont bas, verres organiques...).
2. Traitement ou prévention de l’amblyopie
Il repose sur l’occlusion de l’œil sain sur peau supprimant la neutralisation de l'image par l'œil amblyope. Il ne peut être efficace que s'il est effectué précocement : il n'a plus aucune efficacité après l'âge de six ans, âge à partir duquel la rétine a terminé sa "maturation" et n'a plus la "plasticité" lui permettant de récupérer une acuité visuelle. Ce traitement, parfois mal supporté par l'enfant, nécessite la motivation et la coopération des parents.
Il peut également être réalisé par la pénalisation optique alternée par 2 paires de lunettes ajoutant alternativement 3 dioptries sphériques, 1 jour à droite , 1 jour à gauche.
3. Traitement de la déviation
Ce traitement peut bénéficier dans les formes précoces d’une injection de toxine botulique dans les droits médiaux qui lutte contre l’incomitance et la variabillité angulaire et peut dans 2/3 des cas surseoir à un traitement chirurgical.
Le traitement de la déviation repose dans les autres cas sur un traitement chirurgical (par déplacement, allongement ou raccourcissement de certains muscles…) qui se réalise au microscope opératoire avec des instruments micro-chirurgicaux tenant compte de la position des yeux sous anesthésie et de l'élongation musculaire. Le traitement chirurgical ne surseoit pas à la poursuite du port de la correction optique en post-opératoire ni du traitement éventuel de l'amblyopie.