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Le diagnostic différentiel d'une agranulocytose aiguë médicamenteuse ne se pose guère. Il s'agit en effet de l'étiologie très prédominante d'agranulocytose acquise et isolée de l'adulte. Les rares leucémies aiguës révélées par une agranulocytose sont diagnostiquées par le myélogramme. Les neutropénies pouvant être induites par un grand nombre d'infections virales ne vont pas jusqu'à l'agranulocytose. Il est exceptionnel que l'on soit confronté au problème d'une agranulocytose conséquence et non cause d'une infection bactérienne septicémique très sévère.