Vous travaillez dans un laboratoire de diagnostic qui s’intéresse au gène FBN1 et vous avez identifié chez 5 malades une série de 6 mutations faux-sens : c.3623T>C (p.Cys875Arg) ; c.1147G>A (p.Glu383Lys) ; c.8339T>C (p.Leu2780Pro) ; c.3413G>C (p.Cys1138Ser) ; c.6881A>C (p.Glu2294Ala) et c.7016G>A (p.Cys2339Tyr).
Vous devez bien sûr évaluer le caractère pathogène de ces mutations, 5 d’entre elles devant être pathogènes et une non.
a) Vous pouvez dans un premier temps rechercher si certaines de ces mutations ont déjà été décrites. Rendez-vous sur HGMD puis saisissez FBN1 et sélectionner "missense mutations". Vous obtenez les informations suivantes :
| Mutation | HGMD |
| c.3623T>C (p.Cys875Arg) | Non |
| c.1147G>A (p.Glu383Lys) | Non |
| c.8339T>C (p.Leu2780Pro) | Oui |
| c.3413G>C (p.Cys1138Ser) | Non |
| c.7048A>G (p.Ile2350Val) | Non |
| c.7016G>A (p.Cys2339Tyr) | Oui |
b) Vous ne disposez que d’informations pour 33% de vos mutations. Si vous vous rendez sur Ensembl comme dans l’exemple précédent, vous ne récupérez aucune information nouvelle, c’est à dire qu’aucune des 4 mutations restantes n’est documentée dans dbSNP. Vous n’en saurez pas plus en passant par d’autres bases de données centrales (Swissprot, etc.). Rendez-vous alors sur HGVS (http://www.hgvs.org/dblist/glsdb.html - F). Vous découvrez qu’il existe une LSDB dédiée au gène FBN1, rendez-vous y (http://www.umd.be/FBN1/). Vous constaterez alors que toutes les mutations y sont rapportées, 5 étant considérées comme pathogènes et une comme polymorphisme. Cela simplifie considérablement votre travail !
Attention, si vous ne connaissez pas la qualité de la LSDB à laquelle vous venez de vous connecter, vous pouvez néanmoins aller plus loin et utiliser les logiciels de prédiction.
Dans tous les cas, reportez-vous à la publication d’origine pour évaluer la pertinence des arguments qui ont permis aux auteurs de décrire la mutation comme une mutation pathogène ou un polymorphisme. Utilisez donc les trois outils de prédiction les plus connus : SIFT, Polyphen et UMD Predictor (via la LSDB UMD-FBN1).
Utilisez le "NCBI GI number" 281485550 pour SIFT (http://sift.bii.astar.edu.sg/www/SIFT_BLink_submit.html)
Utilisez le "Protein identifier" 281485550 pour Polyphen (http://genetics.bwh.harvard.edu/pph/)
Pour UMD Predictor suivez le lien http://www.umd.be/FBN1/ puis consultez chaque fiche individuellement, au total, vous devriez obtenir :
| Mutation | SIFT | Polyphen | UMD-Predictor |
| c.3623T>C (p.Cys875Arg) | Non pathogène | Probablement pathogène | Pathogène |
| c.1147G>A (p.Glu383Lys) | Non pathogène | Non pathogène | Pathogène |
| c.8339T>C (p.Leu2780Pro) | Pathogène | Probablement pathogène | Probablement pathogène |
| c.3413G>C (p.Cys1138Ser) | Pathogène | Probablement pathogène | Pathogène |
| c.7048A>G (p.Ile2350Val) | Non pathogène | Benign | Non pathogène |
| c.7016G>A (p.Cys2339Tyr) | Non pathogène | Probablement pathogène | Probablement pathogène |
Comme vous le constatez à la vue de ce tableau, les prédictions sont différentes d’un système à l’autre. Dans cet exemple très limité, seul l’un des 3 systèmes atteint 100% de bonnes prédictions.
Attention, cela ne veut pas dire que les autres systèmes ne peuvent pas fournir de meilleures prédictions dans d’autres situations.
En conclusion, l’utilisation de bases de données couplée aux outils informatiques librement accessibles via Internet a permis d’obtenir une aide précieuse à
l’interprétation des résultats générés dans le cadre d’un diagnostic.
