4 - Faut-il réaliser des prélèvements microbiologiques respiratoires ?

La nécessité d’un diagnostic étiologique précis n’apparaît pas comme un prérequis à une prise en charge correcte des pneumonies bénignes ou de gravité modérée. La réalisation de prélèvements microbiologiques respiratoires n’est donc pas indispensable, d’autant plus qu’ils peuvent être dangereux – c’est le cas en particulier de la fibroscopie chez un malade hypoxémique en ventilation spontanée – ou qu’ils peuvent retarder le début du traitement antibiotique si on ne fait pas attention au délai que leur réalisation impose.

Il est cependant souvent possible d’obtenir rapidement et simplement une orientation étiologique à partir de l’examen direct de l’expectoration, à condition que le prélèvement corresponde vraiment à des sécrétions provenant de l’arbre trachéobronchique et non pas de la cavité oropharyngée. Des critères de validité sont requis pour une interprétation correcte : à faible grossissement, le nombre de leucocytes visualisés par champ doit être supérieur à 25 et le nombre de cellules épithéliales inférieur à 10. Les caractéristiques morphologiques de toutes les bactéries vues à l’examen direct ainsi qu’une éventuelle prédominance d’un micro-organisme doivent être précisées par le laboratoire. Le résultat des cultures de l’expectoration doit toujours être interprété en fonction des données de l’examen direct et a surtout un intérêt pour étudier la sensibilité des germes isolés vis-à-vis des antibiotiques. Chez les malades les plus graves, en particulier ceux qui nécessitent la ventilation mécanique, la mise en évidence de l’agent pathogène est souvent utile, voire indispensable. L’identification précise de l’agent pathogène permettra d’optimiser le traitement antibiotique et évitera l’utilisation prolongée d’antibiotiques à très large spectre. C’est aussi dans cette situation qu’il est difficile de proposer un traitement empirique prenant en compte toutes les possibilités étiologiques. L’examen clé est la fibroscopie bronchique car elle permet non seulement de réaliser des prélèvements des sécrétions respiratoires distales de très bonne qualité dans le territoire touché par l’infection, par exemple à l’aide d’une brosse télescopique protégée ou d’un lavage bronchoalvéolaire, mais aussi de visualiser l’arbre trachéobronchique à la recherche d’une cause sous-jacente. Cet examen est par ailleurs très facile et pratiquement sans danger chez un malade déjà sous ventilation artificielle. D’autres techniques de prélèvement plus simples peuvent cependant être utilisées, en particulier une simple aspiration des sécrétions trachéales par l’intermédiaire d’une sonde descendue dans la prothèse trachéale. La réalisation d’hémocultures est la règle quand le malade est hospitalisé. Cela ne doit pas cependant faire différer la mise en route du traitement antibiotique. Deux hémocultures effectuées à une heure d’intervalle suffisent. S’il existe un épanchement pleural significatif (> 10 mm d’épaisseur sur un cliché en décubitus latéral), celui-ci doit être ponctionné et le liquide analysé.

Quelle que soit la procédure utilisée pour obtenir les prélèvements microbiologiques, les résultats des cultures doivent toujours être interprétés en fonction d’une éventuelle antibiothérapie préalable, une seule dose d’antibiotique pouvant suffire à empêcher les cultures de pousser. Ce fait explique probablement pourquoi l’agent responsable des pneumonies n’est mis en évidence que dans moins de 50 % des cas.
Les méthodes d’identification des antigènes bactériens du pneumocoque et d’ H. influenzae par contre-immunoélectrophorèse ou test ELISA sont coûteuses et donnent des résultats inconstants. En revanche, la recherche de l’antigène urinaire L. pneumophila constitue une technique fiable et très rapide pour faire le diagnostic d’infection à L. pneumophila séro-groupe 1.