3 - Quel(s) est (sont) le(s) agent(s) pathogène(s) en cause ?

Les germes le plus souvent en cause dans les pneumonies communautaires ayant imposé l’hospitalisation et pour lesquelles une documentation microbiologique a été possible sont Streptococcus pneumoniae (20 à 60 % de tous les épisodes), suivis par Haemophilus influenzae (3 à 10 %), puis par Staphylococcus aureus , certains bacilles à Gram négatif du groupe des entérobactéries ( Klebsiella pneumoniae, E. coli, Proteus spp. ), Legionella pneumophila, Mycoplasmapneumoniae, Chlamydiae pneumoniae et les virus à tropisme respiratoire tel que Influenza A (jusqu’à 10 % de tous les épisodes pour chacun de ces agents). Il est important de noter que dans 20 à 50 % des cas, aucun agent étiologique ne peut être mis en évidence malgré un bilan complet et, qu’à l’inverse, des co-infections par plusieurs pathogènes sont possibles.

La répartition des germes responsables est cependant variable en fonction du contexte épidémiologique, de la gravité du tableau clinique et de l’existence ou non de comorbidités associées. Certains facteurs augmentent le risque d’infection due à des bactéries spécifiques, posant des problèmes thérapeutiques.

Actuellement, environ 30 % des souches de pneumocoques responsables de pneumonie chez l’adulte ont une sensibilité diminuée (CMI > 0,1 mg/mL) à la pénicilline et 11 % sont résistantes (CMI > 1 mg/mL). Heureusement, 80 % du total de ces souches restent parfaitement sensibles à l’amoxicilline et seule une infime minorité (< 2 %) est résistante à cet antibiotique (CMI > 2 mg/mL). Concernant le céfotaxime, 85 % des souches sont sensibles et aucune souche n’est vraiment résistante quand des posologies suffisantes sont utilisées.

Sur le plan épidémiologique, six facteurs sont associés à une infection due à un pneumocoque de sensibilité diminuée à la pénicilline (CMI > 0,1 mg/mL) : un âge supérieur à 65 ans, un traitement par des bêtalactamines dans les 3 mois précédents, un alcoolisme chronique, une maladie immunosuppressive, l’exposition à des enfants séjournant dans une crèche, ou de multiples comorbidités. Quatre facteurs sont associés à une infection due à une entérobactérie : le séjour dans une maison de retraite, une maladie cardiopulmonaire sous-jacente, de multiples comorbidités et un traitement antibiotique récent.
En ce qui concerne S. aureus , les facteurs de risque sont le diabète, une infection grippale récente ou une insuffisance rénale chronique.

Les infections à Pseudomonas aeruginosa sont extrêmement rares dans le cadre des pneumonies communautaires, sauf peut-être dans le cadre du sida et quand l’un des quatre facteurs suivants est présent : une maladie structurelle du poumon, en particulier en cas de mucoviscidose ou de bronchectasies, une corticothérapie prolongée, un traitement par des antibiotiques à large spectre pendant au moins 7 jours dans le dernier mois et une malnutrition sévère.