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Ce sont des structures inconstantes.
Ils sont de nature protéique (flagelline), long de 6-15 µm.
Ils sont ancrés dans le cytoplasme par une structure complexe.
La synthèse des flagelles nécessite 20 à 30 gènes. Le mécanisme est très compliqué.
1 gène pour la flagelline, 10 gènes ou plus pour les protéines du crochet et du corps basal.
D'autres gènes existent pour le contrôle de la synthèse et la fonction du flagelle. Les unités de flagelline seraient transportées au travers du tube creux du filament.
A l'extrémité, elles s'assemblent spontanément.
Ils ont un rôle :
Chez les bactéries à Gram négatif (exceptionnellement à Gram positif) peuvent exister des structures fibrillaire et rigide situées à la surface, plus fines que des flagelles : les pili ou fimbriae.
Il s’agit de la polymérisation d’une sous-unité polypeptidique (piline) assemblée à des polypeptides mineurs comme l’adhésine.
Ils peuvent attacher spécifiquement des bactéries à la surface de cellules eucaryotes, phase essentielle dans certains pouvoirs pathogènes (Escherichia coli au cours de certaines infections urinaires, Vibrio cholerae sur les entérocytes).
Ils sont plus longs et sont codés par des plasmides (facteur F).
Ils ont un rôle dans l’attachement des bactéries entre elles (conjugaison) et sont le récepteur de virus bactériens ou bactériophages spécifiques
Chez les bactéries à Gram positif, des protéines de surface assimilées aux fimbriae jouent un rôle dans l’adhérence bactérienne. C’est le cas de la protéine M de S. pyogenes et de la protéine A de S. aureus.