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La partie céphalique de l'intestin antérieur, appelée intestin pharyngien, en forme d’entonnoir, communique par son extémité large avec la cavité amniotique après la résorption de la membrane pharyngienne au niveau du stomodeum (espace séparant le massif facial du reste de l'embryon). Cet ensemble sera à l’origine de la cavité bucco-nasale.
A partir de la quatrième semaine, de chaque côté, des sillons apparaissent sur les parois latérales de l'intestin pharyngien, les poches endodermiques. En même temps, et en regard des précédentes, apparaissent sur la face externe, recouverte par l’ectoderme, des sillons qui s’invaginent : les poches ectodermiques ou branchiales. Ces replis endodermiques et ectodermiques délimitent des massifs cellulaires de mésoblaste et de mésenchyme, les arcs branchiaux, disposés de chaque côté de l'intestin pharyngien.
Les deux premiers arcs branchiaux sont visibles à partir du 24ème jour, le troisième et le quatrième au 26ème jour. Chaque arc branchial contient une ébauche vasculaire , futur arc aortique.
( Ultérieurement, Les dérivés du mésoblaste participeront à la formation du squelette de la face et du larynx et seront à l'origine des muscles de tête et du cou , les poches endodermiques seront à l'origine de formations lymphoïdes et de glandes endocrines tandis que les poches ectodermiques donneront le méat acoustique externe et le sinus cervical).