Le but du DPN moléculaire est l'identification des anomalies géniques par des techniques de biologie moléculaire. Le plus souvent il consiste à rechercher chez le fœtus la présence d'une ou de deux mutations préalablement identifiées, chez les parents ou un autre cas index. Le diagnostic est alors direct. De façon plus rare, on réalisera un diagnostic indirect à partir d'une étude familiale de ségrégation si la mutation n'est pas identifiée mais la localisation génique connue.
En l'absence d'antécédent familial, les situations où les signes échographiques orienteront vers un DPN moléculaire sont rares. En 2009, l'Agence de Biomédecine a enregistré la réalisation de 2728 tests de génétique moléculaire pour 213 pathologies différentes. Ceci a permis l'identification de 534 cas de fœtus atteints de maladie génétique et la réalisation de 385 IMG.
Les modes de prélèvements fœtaux sont les mêmes que pour le DPN chromosomique. Le choix du type de prélèvement dépend du risque génétique, du terme de la grossesse et du risque lié au prélèvement. Cependant le risque d'atteinte fœtale étant le plus souvent de 25 ou 50 %, le prélèvement de villosités choriales est privilégié en raison de sa précocité. De plus, ce tissu permet généralement l'extraction directe d'une quantité suffisante d'ADN pour la recherche de la ou des mutations voire pour une étude familiale indirecte.
Les études de biologie moléculaire peuvent également être réalisées à partir de l'ADN extrait des cellules amniotiques (analyse directe ou après culture) ou des cellules sanguines fœtales. Dans tous les cas, il est indispensable d'éliminer une contamination du prélèvement fœtal par de l'ADN maternel.
Une étude de l'ADN fœtal circulant dans le sang maternel peut être proposée dans de rares situations comme le diagnostic de sexe dans les maladies liées à l'X et l'hyperplasie congénitale des surrénales. Cette technique permet également la caractérisation du Rhésus sanguin fœtal.
Elle permet de mieux cibler les indications du DPN invasif et/ou de proposer une prise en charge adaptée au cours de la grossesse (hyperplasie congénitale des surrénales et incompatibilité Rhésus).
Il s'agit de techniques d'études quantitatives du génome qui permettent l'identification de pertes ou de gains de matériel héréditaire soit de façon ciblée (techniques de PCR quantitative) soit pangénomique (analyse chromosomique sur puce à ADN). Les niveaux de résolution de ces techniques sont intermédiaires entre le caryotype et les techniques classiques de biologie moléculaire.
Elles ne sont mises en œuvre actuellement que devant certains signes d'appel échographique ou pour l'identification d'anomalies de structures chromosomiques déséquilibrées. Comme pour toute technique réalisée à partir de l'extraction d'ADN, elles nécessitent la vérification de l'absence de contamination maternelle.