Les champignons peuvent être responsables chez l’Homme : d’intoxications dues à l’exposition à certains micromycètes (mycotoxicoses) ou macromycètes (syndrome phalloïdien, etc.) ; ces pathologies ne sont pas des mycoses et ne seront pas traitées dans cet ouvrage ; de pathologies immunoallergiques liées à un état d’hypersensibilité (alvéolites extrinsèques, asthme, etc.) ; d’infections résultant du parasitisme, mycoses superficielles ou profondes le plus souvent opportunistes. On incrimine aujourd’hui plus de 400 espèces fongiques impliquées dans un processus pathologique chez l’Homme et ce nombre continue d’augmenter. Les raisons de cette augmentation sont en rapport avec les nouvelles pratiques médico-chirurgicales et de réanimation, les états de réceptivité de l’hôte (hémopathies, cancer, sida, etc.), les conséquences des thérapeutiques immunosuppressives, le développement de la transplantation d’organes ou de greffe de cellules souches hématopoïétiques. La notion de « champignons opportunistes » est née de ces situations où l’Homme, « plus vulnérable », devient « plus réceptif » à des espèces fongiques issues de l’environnement ou déjà présentes dans l’organisme « hôte », dont le pouvoir pathogène est quasi nul chez le sujet « sain ». En mycologie médicale, on distingue chez les champignons plusieurs comportements potentiellement pathogènes pour l’Homme.
Le meilleur exemple est celui des micromycètes kératinophiles dont l’avidité pour la kératine animale et humaine est très prononcée. Les dermatophytes appartenant aux genres Trichophyton, Microsporum et Epidermophyton sont cosmopolites et peuvent parasiter l’Homme ou l’animal, quel que soit le terrain nutritionnel ou immunitaire sous-jacent. À part quelques exceptions, les kératinophiles ne peuvent coloniser que la peau et les phanères (ongles, poils, cheveux). L’importance des lésions varie selon le degré d’adaptation parasitaire. Seules les espèces dites « anthropophiles » peuvent être relativement bien tolérées ; les lésions mycosiques, dans ces cas, sont discrètes voire absentes. En revanche, les espèces dites « zoophiles » ou « géophiles », peu ou pas adaptées à l’Homme, sont à l’origine de dermatophyties volontiers inflammatoires. En dehors des dermatophytes, d’autres champignons sont également bien adaptés au parasitisme et peuvent persister dans l’organisme comme pathogènes quel que soit le terrain sous-jacent : ce sont les champignons dimorphiques, pour la plupart d’origine tropicale, comme Histoplasma, les agents de chromomycoses et de mycétomes — ces deux derniers n’étant pas traités dans cet ouvrage. .
Ils appartiennent au microbiote et n’entraînent pas de lésions. Ils sont habituellement retrouvés au niveau du revêtement cutané (espèces appartenant par exemple au genre Malassezia) et des muqueuses digestive ou vaginale (Candida albicans, C. glabrata). Cet état de « paix armée », lié à un fragile équilibre hôte-parasite, peut être rompu en cas de défaillance de l’hôte (par exemple, candidose buccale ou oropharyngée chez le sujet infecté par le VIH, candidoses vaginales, pityriasis versicolor à Malassezia sp.).
Ce sont des micromycètes de notre environnement (par exemple, Aspergillus fumigatus, moisissure cosmopolite, ou Cryptococcus neoformans, levure cosmopolite) possédant de réels facteurs de virulence qui vont s’exprimer chez les sujets fragilisés présentant des facteurs de risque spécifiques.