La symptomatologie est très variée, entre le portage asymptomatique fréquent et les formes graves rares.
Les manifestations les plus fréquentes débutent 1 à 3 semaines après la contamination et sont marquées par une diarrhée modérée, des douleurs abdominales hautes, épigastriques, des nausées et une anorexie. Une perte de poids, une distension abdominale, des selles malodorantes et décolorées sont observées.
La fièvre ou la présence de sang ou de mucus dans les selles sont rares.
Les symptômes peuvent persister plusieurs mois avec des épisodes d’exacerbation et des manifestations d’infection chronique, chez les enfants en particulier. En cas d'infection chronique et massive, des signes de malabsorption (stéatorrhée) peuvent apparaître avec des carences vitaminiques. Une intolérance au lactose est parfois observée au cours de la maladie.