Tout médicament administré à la mère traverse le placenta et peut avoir des répercussions immédiates ou lointaines sur l'embryon, le fœtus et le nouveau-né. Peu de médicaments justifient une décision d'interruption de grossesse. Lorsqu'une femme donne naissance (ou le diagnostic anténatal visualise) à un enfant malformé et/ou ayant une pathologie néonatale non malformative, il faut rechercher la notion de prise médicamenteuse ou de toxiques. Les principaux médicaments courants présentant un risque tératogène important avec des possibilités de diagnostic anténatal limitées sont : le Roaccutane® et le Soriatane®. Les principaux médicaments à risque tératogène pour lesquels un diagnostic anténatal est possible sont : Neurolithium®, Téralithe®, Dépakine®, Tégrétol® Anticoagulants oraux, anticancéreux (et radiothérapie). Certains médicaments sont à risque fœtal et/ou néonatal ; il convient de les utiliser sous précaution et uniquement à certaines périodes de la grossesse : AINS, IEC (à éviter), rifampicine, anticonvulsivants, neuroleptiques, Phénothiazines, Anafranil, Prozac, Benzodiazépines, β-bloquants. Aucun antibiotique n'est formellement contre-indiqué en cours de grossesse car la priorité revient au bénéfice maternel attendu. Aucun traitement hormonal usuel n'induit d'anomalies de la différentiation sexuelle. Toute prévention vaccinale nécessaire chez une femme enceinte doit être pratiquée à défaut de pouvoir l'écarter du risque de contamination. Pour voyager, les principales craintes sont les risques infectieux et parasitologiques plus que celui des vaccinations.