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L’apport de l’anatomie pathologique est tout à fait relatif :
Cependant, on peut voir des signes histologiques confortant le diagnostic étiologique ou pouvant faire suggérer des pathologies associées (virus + alcool, alcool + hémochromatose, etc.).
Dans les paragraphes suivants sont décrites les lésions fréquemment associées à certaines étiologies (tableau 1).
| Étiologie | Principaux signes d’orientation histologique |
| Virale | VHB : hépatocytes en verre dépoli, Ag HBs + en immunohistochimie VHC : stéatose + nodules lymphoïdes |
| Alcoolique | Stéatose, hépatite alcoolique, stéatohépatite |
| Syndrome dysmétabolique | Stéatohépatite |
| Hémochromatose | Surcharge hémosidérinique sur la coloration de Perls à prédominance hépatocytaire plus importante dans les régions périportales |
| CBP | Cholangite destructrice, ductopénie |
| CSP | Cholangite fibreuse oblitérante, ductopénie |
| Auto-immune | Activité nécrotico-inflammatoire importante sous forme d’hépatite d’interface diffuse, plasmocytes nombreux |
Ces lésions sont très souvent accompagnées de fibrose :
Il existe un risque évolutif vers la fibrose puis la cirrhose en cas d’hépatite alcoolique ou de stéatohépatite.