A l’intérieur des microcolonies, les communications inter-cellulaires (notamment par l’intermédiaire de « quorum sensing »), jouent un rôle capital dans la formation du biofilm dentaire.

En effet, ce type d’échange permet la régulation de l’expression de nombreux gènes en fonction de la densité cellulaire (Liljemark et coll. 1997). Quand une densité bactérienne critique est atteinte, lors de la formation du biofilm, on assiste à une réduction de la croissance de celui-ci. Les bactéries sont ainsi capables de communiquer et de répondre à leurs voisines, grâce à des molécules effectrices, généralement des peptides qui diffusent telles que les « homosérine lactone » émises par les Gram - (Davies et coll. 1998). L’homosérine lactone peut aussi être sécrétée par une bactérie qui adhère à une surface, ce qui stimule d’autres bactéries à se joindre à la communauté (DuPont et coll. 1997). Ces différents échanges sont favorisés par l’existence des canaux aqueux qui facilitent le transfert de l’information (Barbieri 2000).

A côté de cette capacité à connaître les densités cellulaires qui les entourent, les bactéries ont le pouvoir de se transmettre leurs propres gènes à l’intérieur du biofilm dentaire. Li et coll. (2001) ont démontré que la vie à l’intérieur du biofilm dentaire augmente la capacité de S. mutans à transporter et à intégrer de l’ADN étranger.