Outre les dents et le sillon gingivo-dentaire, les autres structures de la cavité buccale présentant des niches écologiques pour les bactéries sont : l’épithélium buccal des joues, langue, plancher de la bouche et palais.
Les surfaces épithéliales buccales (sauf le dos de la langue) sont colonisées par un faible nombre de bactéries, avec une prédominance des streptocoques. En revanche, le dos de langue présente de nombreuses niches écologiques, et est colonisé par des streptocoques, des Veillonella, des espèces anaérobies comme Bacteroides, Fusobacterium, Peptococcus, Peptostreptococcus, et des pathogènes parodontaux comme P. gingivalis, P. intermedia, A. actinomycetemcomitans, E. corrodens, spirochètes. Tous ces réservoirs sont suceptibles d’abriter des espèces bactériennes que l’on retrouvera dans les maladies parodontales implantaires.