Par exemple, un examen clinique simple permet de diagnostiquer une gingivite ; toutefois, les signes cliniques de gingivite chronique et de parodontite à ses débuts peuvent être identiques, en l'absence de perte d'attache détectable par la sonde parodontale. Une analyse de la flore présente permettra, elle, la distinction entre ces deux formes cliniques.
De même, autre exemple, il apparaît hautement souhaitable qu'un suivi de l'évolution de chaque site traité par détartrage et surfaçage radiculaire permette d'anticiper les sites à risque de récidive ; les indices cliniques ne le permettent pas, alors qu'un contrôle de la fluctuation des populations bactériennes le rend possible.