Les genres retrouvés le plus régulièrement sont Actynomyces (A. israelii, A. meyeri, A. naeslundii, A. odontolyticus), Anaerococcus prevotii, Bifidobacterium spp., Capnocytophaga spp, Eubacterium spp, Fusobacterium (F. necrophorum, F. nucleatum), Gemella morbillorum, Micromonas micros, Prevotella (P. buccae, P. intermedia, P. oralis), Propionibacterium acnes, Streptococcus (S. constellatus, S. mitis), Trponema spp., Veillonela spp et Candida albicans (Chardin H. et coll,).
Des techniques moléculaires (PCR = amplification par réaction en chaîne de la polymérase) ont permis de montrer la présence d'une grande diversité d'espèces de tréponèmes. Leur nombre est significativement plus important (61%) que dans les canaux infectés sans lésion périapicale (37% dans les nécroses pulpaires). T. socransky est l'espèce la plus retrouvée suivie de T. denticola, T. maltophilum, T. pectinovorum et T. vincentii. Les spirochètes produisent de nombreux enzymes protéolytiques, hémolysines, estérases, collagénases, phospholipase C et des enzymes dégradant l'acide hyaluronique et la chondroitine sulfate, ce qui explique leur présence abondante dans ces pathologies périapicales.

De plus, le microbiota des canaux radiculaires de dents asymptomatiques semble différent de celui des dents symptomatiques. La flore bactérienne isolée à partir des canaux infectés de dents présentant des lésions périapicales sans signes cliniques ni symptômes est composée surtout d'anaérobies stricts (64% à 87%), avec prédominance d'Actinomyces odontolyticas, Micromonas micros, P. intermedia.
Des corrélations ont été établies entre la présence de signes cliniques/radiographiques (douleur ou passé douloureux, sensibilité à la percussion, œdème, fistulisation, exsudation canalaire, image périapicale radio claire) et l'isolement de certaines espèces : Eubacterium spp., Fusobacterium spp., Micromonas spp., Peptostretococcus spp., Porphyromonas (P. endodontalis, P. gingivalis), Prevotella (P. buccae, P. melaninogenica) et les spirochètes. Ces bactéries, essentiellement à Gram négatif, contiennent des endotoxines pouvant stimuler la production de bradykinine, puissant médiateur de la douleur (Chardin H. et coll,).