La réduction par le fluor de la production d'acides est, en partie, due à une inhibition d'une enzyme de la glycolyse, l'énolase, qui convertit le phosphoglycérate en phosphoénolpyruvate. D'une moindre quantité disponible de phosphoénolpyruvate découle une inhibition du transport des sucres dans la cellule bactérienne qu'effectue le système phosphoénolpyruvate - phosphotransférase. Le préalable est qu'il y ait accumulation de fluorure à l'intérieur de la cellule bactérienne, ce qui implique un transport transmembranaire du fluorure, lequel requiert un gradient de pH. Selon le pH de la plaque dentaire, le fluorure se présente sous forme F^-, HF, ou HF^2-. C'est sous la forme HF (la forme acide faible) que le fluor est transporté dans la cellule. Le passage de HF vers le cytoplasme, plus alcalin, entraîne sa dissociation en H⁺ et F^-, et l'accumulation de protons acidifie progressivement le cytoplasme, inhibant ainsi l'activité de l'énolase.