Les actinomycètes sont ubiquitaires et leur nombre varie peu entre sites sains et sites cariés. Il semblerait qu'avec l'apparition de la carie le nombre de A. naeslundii baisse, alors que celui de A. viscosus augmente.
Après cavitation, s'effectue une sélection bactérienne très rapide, de l'ordre de 4 semaines, que met en évidence une augmentation du nombre de Lactobacillus acidophilus et Lactobacillus casei, dont la proportion passe de 1 à 5 % et une diminution de S. mutans. Lorsque la carie atteint la dentine, la proportion d'actinomycètes et de lactobacilles augmente fortement, pour égaler celle des streptocoques.
Les lactobacilles sont en contact avec la dentine alors que les streptocoques restent à distance, du coté salivaire.