Lorsque la carie atteint la dentine, la trame organique (collagène et autres protéines) est alors détruite par l’action d’enzymes bactériens (hyaluronidase, collagénase) et d’enzymes présents dans la dentine et libérés par la déminéralisation comme les métalloprotéases matricielles (en particulier MMP-2 et MMP-20). Les lactobacilles montrent une affinité particulière pour le collagène de type I.