Le microbiote est l'ensemble des micro-organismes (bactéries, levures, champignons, virus) dans un environnement spécifique appelé microbiome.
Le génome du microbiote se dénomme Métagénome. Un séquencage collectif (technologies de séquençage haut-débit) de ces organismes est possible (métagénomique), applicable à un écosystème complet.
Les techniques de biologie moderne utilisent l'approche métagénomique pour étudier les micro-organisme composant le microbiote dans un environnement donné. Par extension, le terme microbiome est utilisé pour désigner la somme des génomes des micro-organismes vivant dans ou sur un organisme animal ou végétal (hors état pathologique).
http://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9tag%C3%A9nomique